L'Università FUNDEPOS si è sviluppata in Costa Rica come risultato di tre eventi educativi storici nel campo delle scienze economiche. Il primo di questi con l'arrivo della National University nel 1983, con sede a San Diego, California, USA, che ha istituito il primo programma di Master professionale in Business Administration del Paese.
Il secondo momento storico si è verificato nel 1993, quando questo programma è stato trasferito, in termini di amministrazione, all'Università del Costa Rica (UCR). A tal fine è stata creata la Fondazione per gli studi post-laurea e la ricerca in scienze economiche (FUNDEPOS).